Als fachlich unabhängige Institution war das BQS-Institut vom Gemeinsamen Bundesauschuss mit der Umsetzung und Weiterentwicklung der Qualitätssicherung beauftragt. In diesem Zusammenhang waren nicht nur neue Mess- und Darstellungsverfahren zu entwickeln, sondern auch die bestehenden Qualitätssicherungsverfahren (Leistungsbereiche) der externen Qualitätssicherung in den Krankenhäusern zu betreuen.
Die jährlich veröffentlichten Qualitätsreporte stellten detailliert und in übersichtlicher Form die bundesweiten Ergebnisse der jeweils dokumentationspflichtigen Leistungsbereiche im Vergleich zum Vorjahr dar und gaben Auskunft über die Versorgungsqualität der Krankenhäuser.
In den folgenden Jahren war das aQua-Institut mit der Erstellung der Qualitätsreports beauftragt. Seit 2016 obliegt diese Aufgabe dem IQTIG.
Die Qualitätsreports der Jahre